1987 yılında TED Ankara Kolejinden, 1993 yılında Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesinden mezun olmuştur. Mecburi hizmetin ardından 1995 yılında Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Histoloji ve Embriyoloji Anabilim Dalı’nda başladığı uzmanlık eğitimini 1998 yılında tamamlamıştır. 1998-2001 yılları arasında TC. Sağlık Bakanlığı bünyesindeki ilk Histoloji-Embriyoloji uzmanı olarak Ankara Zekai Tahir Burak Kadın Doğum Hastanesi IVF Ünitesi Embriyoloji Laboratuvarının IVF Sertifikasyon ve Eğitim merkezi haline gelmesini sağlamıştır.
2001-2007 yılları arasında Isparta Süleyman Demirel Üniversitesi Tıp Fakültesi Histoloji ve Embriyoloji Anabilim Dalı’nda öğretim üyesi olarak görev yapmış, Hücre Kültür Laboratuvarı’nı kurmuştur. 2001 yılında Yardımcı Doçent, 2005 yılında Doçent, 2011 yılında Profesör ünvanını almıştır.
2006 yılında Ankara Dışkapı Çocuk Hastalıkları Eğitim ve Araştırma Hastanesi’nde göreve başlamış ve TC. Sağlık Bakanlığına bağlı ilk Pediatrik Hematopoetik Kök Hücre Nakil/ Kemik İliği Transplantasyonu (KİT) Ünitesinde Kök Hücre İşleme ve Saklama Laboratuvarı’nın kurucusu olmuştur.
2019 yılında Ankara Bilkent Şehir Hastanesi Pediatrik Hematopoetik Kök Hücre Nakil Ünitesi Kök Hücre İşleme ve Saklama Laboratuvarı’nın kurucusu ve sorumlu doktoru olmuştur. Halen, Hastanenin Kök Hücre Laboratuvarı’nın eğitim ve idari sorumlu doktoru olarak Kök Hücre Nakli tedavilerinin yanı sıra Kök Hücre Araştırma projelerini de yürütmektedir. Aynı zamanda, 2011 yılından itibaren Ankara Yıldırım Beyazıt Üniversitesi Tıp Fakültesi Histoloji ve Embriyoloji Anabilim Dalı Kurucu Başkanı ve öğretim üyesi olarak eğitim, öğretim ve araştırma faaliyetlerinde yer almaktadır.
İlgi alanları olan Hematopoetik ve Mezenkimal Kök Hücre ile ilgili kurslar düzenleyerek Histoloji ve Embriyoloji yüksek lisans, doktora ve uzmanlık öğrencilerine, ayrıca Pediatrik Kemik İliği Transplantasyonu ile ilgili kurslarda eğitici olarak Pediatrik Hematoloji uzmanlık öğrencilerine eğitimler vermektedir.
Histoloji ve Embriyoloji ve Pediatrik Hematoloji alanında çok sayıda tez projesine danışmanlık yapmıştır. Aynı zamanda AYBÜ Translasyonel Tıp Anabilim Dalı’nda Kök Hücre dersleri vermektedir ve AYBÜ KÖK Hücre Öğrenci Kulübüne danışmanlık yapmaktadır.
Türk Histoloji ve Embriyoloji Derneği, Türk Pediatrik Hematoloji Derneği, Kök Hücre Nakli ve Hücresel Tedavi Derneği aktif üyesidir. 2023 yılında Türkiye Sağlık Hizmetleri Kalite ve Akreditasyon Enstitüsü (TÜSKA) Kemik İliği Transplantasyonu Mükemmeliyet Merkezleri Çalışma Grubu üyeliğine seçilmiştir.
Prof. Dr. Meltem ÖZGÜNER’in 30’un üzerinde uluslararası yayını ve hematoloji alanında aldığı 3 ödül bulunmaktadır.